分子动力学（Molecular Dynamics，MD）是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠计算机来模拟分子、原子体系的运动，是一种多体模拟方法。通过对分子、原子在一定时间内运动状态的模拟，从而以动态观点考察系统随时间演化的行为。通常，分子、原子的轨迹是通过数值求解牛顿运动方程得到，势能（或其对笛卡尔坐标的一阶偏导数，即力）通常可以由分子间相互作用势能函数、分子力学力场、从头算给出。对于考虑分子本身的量子效应的体系，往往采用波包近似处理或采用量子力学的费恩曼路径积分表述方式处理。分子动力学也常常被采用作为研究复杂体系热力学性质的采样方法。以在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。分子动力学最早在20世纪50年代由物理学家提出，如今广泛应用与物理、化学、生物体系的理论研究中。

适合的研究方向包括但不限于：材料，高分子，环境，食品，生物，生化，医学，医药，药物等

可以计算的体系包括但不限于：生物体系，蛋白质，核酸，多肽，聚合物，小分子，药物分子等

常用软件：Gromacs，Lammps，Amber，Autodock，MS，DS，Desmond，AlphaFold，RosettaFold等

可以计算的内容包括但不限于：

蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等

• 动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

• 分子对接，如蛋白质-小分子、核酸-小分子、小分子-小分子、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、蛋白-核酸等

• 药物相关模拟，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等

• 生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等

• 动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等